O Minecraft, por permitir que os alunos explorem e interajam com conceitos científicos de forma prática e imersiva, pode ser uma ferramenta poderosa para o ensino de ciências. No jogo, é viável simular experimentos, já que na realidade os produtos necessários para as experiências são muito caros e a maioria das instituições não consegue comprá-los, desenvolver estruturas que reproduzam fenômenos naturais e até mesmo estudar princípios de física, química, biologia e geologia.

Os alunos podem aprender sobre geologia ao explorar a formação de diferentes tipos de rochas e minerais no jogo, ou sobre biologia ao simular ecossistemas, cadeias alimentares e órgãos que podem ser construídos com os blocos. Isso é um exemplo. O Minecraft também dá a chance de entender conceitos básicos de física, como a força, movimento e energia, através da construção e interação com mecanismos no jogo.

O aprendizado das ciências se torna mais dinâmico e envolvente devido à capacidade de experimentação e exploração oferecida pelo Minecraft. Os estudantes podem testar hipóteses, observar resultados e entender conceitos complexos de forma mais tangível.